Problem:

Das Tastaturlayout zeigt eine vollkommen falsche Belegung. So liegen bspw. auf der Backspace-Taste ‘]’ und ‘}’, auf der ‘ä’-Taste dafür Backspace und ‘ä’ bzw. ‘Ä’ fehlen ganz. Überall im System ist aber sowohl ein korrektes Tastatur-Layout bzw. die korrekte Sprache und Region eingestellt.

Lösung:

dconf-Editor öffnen (entweder über das Menü ‘Anwendungen’..’Verschiedenes’..’dconf-Bearbeitung’ oder über den Befehl dconf-editor) Hier navigiert man zu org.gnome.desktop.input-sources.xkb-options und löscht alle xkb-options bzw. korrigiert diese.
Eine weitere Beschreibung findet sich im GNOME – ArchWiki.