Der Javascript-Validator in eclipse erzeugt (insbesondere bei den JQuery-Bibliotheken) Fehler, da er offensichtlich nicht mit den komprimierten JS-Dateien umgehen kann. Wenn man wie bei Stackoverflow beschrieben die Dateien von der Validierung ausschließt, wird allerdings die Fehlermarkierung nicht unbedingt entfernt. In diesem Fall sei auf die Beschreibung des Bug 349020 verwiesen:

The Client-side JavaScript Validator only validates JavaScript in web pages, as its name implies. For standalone files the JavaScript Validator Builder is the one to turn off, but doing so means having to remove the entries from the Problems view manually.

Mit anderen Worten: Die Fehlereinträge im Problems View müssen manuell entfernt werden — und zwar nach jedem Build-Prozess. Der Refresh/Clean des Projektes beseitigt die Markierung nicht.