Tritt beim Löschen von Dateien oder Verzeichnissen ein Fehler auf, liegt das meist an einem bestehenden Lock auf diese. Verifiziert werden kann das in der Datei owncloud.log die dann im log-Eintrag folgenden Text enthält:

Beheben kann man das Problem durch Entfernen aller Einträge der Tabelle oc_file_locks mit dem SQL-Befehl:

Dabei sollte ggf. die ownCloud vorher in den Wartungsmodus gestellt werden.